生物能源研究部主要研究目标为：催化化学、有机化学和生物化工为学科基础，研究生物质转化中的关键科学问题，重点探索木质纤维素、糖类及多羟基化合物、油脂等生物基原料的转化途径和方法，为生物基液体燃料、大宗能源化学品和精细化学品生产，提供一条不依赖化石资源的新路线和新方法，为工业应用提供创新技术。